illumina DNA測序儀常見故障維修分析：您將在下面找到一些與 DNA 測序相關的常見問題以及這些問題的可能原因和解決方案。在描述問題、如何識別問題、原因和問題的潛在解決方案的信息上方顯示了序列跟蹤的圖片。序列數據可能會出現其他問題，但下面列出的是常見的問題。

1、illumina DNA測序儀壓縮順序問題維修：

序列顯示為多個重疊軌跡，并不總是貫穿整個序列

如何識別：序列數據在序列中的一個點之后開始顯示多個重疊跡線，盡管測序信號仍然很強。壓縮現象和受污染的illumina DNA 制備物可能看起來相似，但受污染的制備物通常會在插入克隆位點后立即顯示重疊痕跡。

原因：具有相同電泳遷移率的不同大小的 DNA 片段，即在電泳過程中在彼此頂部遷移的片段。這種現象被認為是由模板 DNA 中的二級結構區域引起的，這些區域通常但不總是出現在具有高 G/C 或高 A/T 含量的區域。

解決方案：

將 DMSO 添加到illumina測序反應的 5% (v/v) 濃度。在循環測序前將反應在 96°C 下孵育 10 分鐘。循環前將所有反應組分加倍并在 98C 下孵育 10 分鐘。（注意：反應組分加倍以說明因較高的變性溫度而失活的酶量。使用測序試劑稀釋緩沖液時不要使用此溶液）用限制酶線性化質粒。如果樣品是 PCR 產物，嘗試用 7-deaza-dGTP 代替 PCR 中 75% 的 dGTP 擴增 DNA，然后對illumina PCR 產物進行測序。選擇靠近壓縮位點的新引物，這有助于避免二級結構的影響。

2、illumina DNA測序儀污染質粒 DNA 的制備問題維修：

污染的質粒 DNA 制備導致序列數據中的重疊峰。

如何識別：序列數據清楚地顯示到插入克隆位點的末尾，在這一點上，通常可以看到其他峰下方的峰。在壞的情況下，峰會相互遮擋，使整個序列無法讀取。

原因：為單個質粒制備挑選多個克隆，或挑選包含兩個或多個質粒的單個菌落，每個質粒都有不同的插入片段。

解決方案：在干凈的環境中小心地從您的平板中挑選一個菌落到您的生長培養基中。在 DNA 制備后，通過限制性消化和瓊脂糖凝膠分析驗證您的單個菌落是否包含您感興趣的插入片段。